Sự kỵ khí bắt buộc chuyển hóa năng lượng bằng hô hấp yếm khí hoặc lên men. Trong hô hấp hiếu khí, pyruvate được tạo ra từ quá trình đường phân được chuyển thành acetyl-CoA. Điều này sau đó được chia nhỏ thông qua chu trình TCA và chuỗi vận chuyển electron. Hô hấp kỵ khí khác với hô hấp hiếu khí ở chỗ nó sử dụng chất nhận electron khác với oxy trong chuỗi vận chuyển electron. Ví dụ về các chất nhận electron thay thế bao gồm sulfat, nitrat, sắt, mangan, thủy ngân và carbon monoxit.[4]

Quá trình lên men khác với hô hấp yếm khí ở chỗ pyruvate được tạo ra từ quá trình glycolysis bị phá vỡ mà không có sự tham gia của chuỗi vận chuyển electron (tức là không có quá trình oxy hóa phosphoryl). Nhiều cách lên men tồn tại, ví dụ lên men axit lactic, lên men axit hỗn hợp, lên men 2-3 butanediol.[4]

Năng suất năng lượng của quá trình hô hấp và lên men yếm khí (tức là số lượng phân tử ATP được tạo ra) ít hơn so với hô hấp hiếu khí.[4] Đây là lý do tại sao sinh vật kỵ khí không bắt buộc, có thể chuyển hóa năng lượng cả trên cơ thể và yếm khí, ưu tiên chuyển hóa năng lượng trên không. Điều này có thể quan sát được khi vi khuẩn kị khí được nuôi cấy trong môi trường thioglycollate.[1]